按照教育部重点实验室“开放、流动、联合、竞争”的运行管理机制，实验室将进一步理顺各种关系，建立健全规范的管理制度，营造对外开放的宽松环境，加大对外开放力度，积极创造条件吸收国内外科技人员来室工作。

坚持规范制度、强化管理，高标准建设环境食品学教育部重点实验室的建设与发展目标。在依托单位的支持下，环境食品学教育部重点实验室设主任1名，副主任2-3名，其中常务副主任1名，负责实验室日常行政管理与对内对外协调工作。实验室下设3个研究室、1个管理办公室和1个公共仪器室。管理办公室设科研秘书1名，工程技术人员2-3名。分级负责，责任到人。实验室组织管理系统按下述模式运行。