本实验室研究定位是：用系统论的思想及生态学的理念、方法，研究食品协同环境影响健康的宏观规律和微观机制。在宏观规律研究中，基于环境因素的复杂性，重点将其划分成空间与时间两个维度，分别描绘环境地理食品图谱和应季食品图谱。在微观机制的研究中，重点对上述宏观规律获得的客观存在，及现实生活中存在的大量食品协同环境影响健康的表型，破解其起作用的原因，从而对客观存在作出解释，也为未来环境与食品协同性的调控并促进健康奠定理论基础。基于上述研究工作的总体定位和研究思路，本实验室的研究方向为：

1.地理环境与膳食摄入重点研究空间维度（即地理环境）与食品协同影响健康的相关规律。在中国不同地理小分区，以典型环境、典型食品、典型健康状态为重点，揭示典型地理环境下环境参数、食品摄入与健康状况相关性；构建典型地理环境典型食品信息库；绘制包括加工环境在内的中国典型地理环境下膳食模式图谱。

2.季节因素与食品应季机理重点研究时间维度（主要指季节）与食品协同影响健康的宏观规律和微观机制。通过选择特定地理条件下（如长江中下游平原）的不同自然天气季节，考察食品摄入种类、风味、加工方式的变化，并建立上述量化数据与健康状况参数的相关性。中国传统营养对食品的性味属性的划分，是有别于西方营养学的一个重要方面，也与食品进食所处的季节及地理环境密切相关，需要通过搭建食品性味研究平台，评价应季及反季节食品的性味，研究从营养成分上无异的食品在不同季节食用，不同性味食品在不同季节、不同地理环境下食用，其作用不同的机制。

3.食品协同环境影响健康的微观机制重点从系统生物学的角度，探讨食品协同环境影响健康的微观机制。主要以特定环境下的志愿者及模拟环境下的实验动物为对象，分别从肠道微生物组、蛋白质组学及代谢组学的研究方法出发，探讨环境与食品协同作用下的肠道免疫、作用位点、信号途径、基因表达水平、代谢途径等。同时从化学生物学及系统生物学的角度，开展食品功能性成分形成的环境调控机理及其协同健康效应研究；环境因素对微生物及特色发酵食品分布的调控及其与健康的关系研究；环境因素对蜂产品中来源于蜜源植物的次生代谢产物调控及其与健康的关系研究；开展食品危害性成分形成的环境调控机理及其毒理学研究。